Rojen v kraju Schrötten, Gornja Štajerska.
Osnovo izobrazbo je Zupan dobil od učitelja in organista v Hengsbergu (de) Andreasa Dämba, pod njegovim vodstvom je pel na cerkvenem koru in najbrž na njegovo pobudo, domnevno s štipendijo, ki jo je ustanovil nekdanji hengsberški župnik Rupert Brenner, 1749 odšel na univerzo v Gradcu, kjer je imatrikuliran kot »Suppan Jacob, plebejus Hinspergensis«. V Kamnik je prišel pred letom 1757. Leta 1760 je na mestu organista in regens chorija v kamniški župnijski cerkvi nasledil svojega tasta Valentina Götzla. Na pobudo Petra Pavla Glavarja je v letih 1762-1765 deloval v komendskem deškem semenišču kot glasbeni vodja in učitelj. Leta 1765 se je, potem ko so mu kamniški meščani ponudili višjo plačo, vrnil na staro delovno mesto v kamniško župnijsko cerkev. Zupan je bil dejaven tudi v kamniški Akademiji sv. Cecilije (Accademische Confoederation Stae. Ceciliae), o kateri ni znano kaj dosti več kot to, da je gojila sakralno in posvetno glasbo ter da je v kamniški župnijski cerkvi ob praznikih ali vsaj enkrat na mesec izvedla vokalnoinštrumentalno mašo. Leta 1787 so ga oblasti napotile na učiteljsko preizkušnjo, ki jo je uspešno opravil, o čemer mu je 4.11.1787 izdal zelo dobro spričevalo ravnatelj kamniške glavne šole p. Cahej Rape, potrdil pa kot okrožni šol. komisar Anton Tomaž Linhart, nakar je bil imenovan za učitelja 1. razreda na kamniški glavni šoli. Umrl je aprila leta 1810 v Kamniku, po večletnih težavah z zdravjem. Zupan je v Kamniku živel na Šutni, v hiši št. 35.
Zupan je skladateljsko pomemben predvsem kot avtor prve slovenske opere Belin, ki jo je zložil leta 1780 na besedilo avguštinca Feliksa Antona Deva (red ime Janez Demascen) (15.1.1732 – 7.11.1786). V zvezi z opero Belin Zupana v svoji Bibliotheca Carnioliae omenja tudi Marko Pohlin, v kateri o njem pravi, da je Zupan "kamniški učitelj igre in petja, odličen skladatelj in glasbenik, zložil napeve in glasbo za kranjsko opero Belin." Ni znano ali je bila opera kdaj izvedena, veljala je za izgubljeno do leta 2008, ko naj bi rokopis odkril Milko Bizjak, a avtentičnost najdbe ni potrjena. Prva znana izvedba domnevno odkrite opere Belin je bila 30. septembra 2018 v dvorani Zavoda sv. Stanislava v Šentvidu v Ljubljani, kjer jo je izvedla Glasbena šola Ljubljana-Vič Rudnik. Konec leta 2018 so jo izvedli tudi v Domu kulture v Kamniku.
Dragotin Cvetko je, izhajajoč iz v njegovem času poznanega Zupanovega opusa, označil Zupana za zadnjega slovenskega baročnega skladatelja. Pri tej oceni je izhajal predvsem iz libreta za opero Belin iz Zupanovega Te Deuma, ki je zvočno najbolj učinkovito skladateljevo delo, ki ima v resnici kar nekaj baročne patine. Sicer je Zupan skladal v zgodnjeklasicističnem slogu, predvsem nabožno glasbo. Ohranilo se je preko 20 njegovih del, nekatera tudi v nepopolni obliki. Večji del v novomeškem kapiteljskem arhivu, v arhivu tamkajšnjega frančiškanskega samostana in arhivu ljubljanske stolnice. Med njimi: Te Deum za soliste, zbor in orkester, Missa in C za dvoglasni zbor in okester, Lavretanske litanje, Regina coeli z alternativnim besedilom Salve regina, za soliste, štiriglasni zbor in orkester. Zložil je več duetov za dva ženska glasova in orkester: Egregie Doctor Paule, Jesu dulcis memoria, Maria gustum sentio, O gloriosa virginum sublimis, O Jesu care, Regina coeli, Sacris solemniis iuncta, Salve Jesu, pastor bone, Salve regina, Stabat mater, Mutter der Lieblichkeit in Nichts ist treuer auf dieser Erden. Sopranske arije, arije s spremljavo orkestra pa so: Regina coeli, Salve regina, Ergiesse mein Mund, Maria, wer dich kennet, Sei gegrüsst, du Brunn der Gnaden, Soll ich dich der Sonn' vergleichen.
V arhivih kamniških cerkvenih ustanov njegovih del (še) niso našli.
V Kamniku so po njem poimenovali ulico.
Vnos: AK