Rojen je bil 11. aprila 1744 v Kamniku. Njegov oče je bil pek in hišni posestnik v Kamniku. Pisal se je Apel in izhajal iz Bevk pri Vrhniki.
Jurij Japelj je začetno izobrazbo dobil pri Francu Mihaelu Paglovcu, latinsko pa pri jezuitih v Ljubljani, kjer je bil njegov sošolec poznejši krški generalni vikar in nadškof v Linzu, Sigmund Hohenwart, ki je bil rojen na Kolovcu. Spoprijateljila sta se in Japelj je z njim v hiši Hohenwartov nadaljeval študij v Gorici in Gradcu. Leta 1769 je bil v Trstu posvečen, leta 1771 je postal kaplan v Trstu pri sv. Antonu (it), leta 1773 škofijski tajnik in notar v Ljubljani, 1779 vodja Schillingovega beneficija pri Sv. Petru v Ljubljani, leta 1787 kurat na novoustanovljeni cerkvi na Ježici pri Ljubljani, 1795 župnik in dekan v Naklem, 1799 v Celovcu vodja semenišča, 1800 kanonik in konzistorijalni (de) svetnik, 1806 šolski nadzornik in referent za šolstvo. Vest, da je izvoljen za tržaškega škofa, ga je dosegla na smrtni postelji. Bil je tudi kancler goriške metropolije, tržaški in ljubljanski konzistorijalni svetnik ter eksaminator (izpraševalec) pri župnijskih izpitih.
Zveze z aristokratskim svetom in obsežno znanje jezikov so bili najverjetneje razlogi, da je leta 1773 prejel povabilo škofa Herbersteina v Ljubljano, kjer je postal škofov tajnik. Herberstein mu je namenil glavno vlogo pri izvrševanju svojega janzenističnega knjižnega programa. Po njegovem navodilu je že leta 1777 začel prevajati jožefinski Ta veliki katekizem s prašanjami in odgovori, ki je izšel šele 1779 in doživel še pet ponatisov. Knjigi, ki je zadostila potrebam slovenske jožefinske šole, so kmalu sledile knjige za cerkev in duhovščino: Cerkovne pesmi (1784), Zbrane molitve (1786) z dodano pesmarico, Pridige za vse nedele skuzi lejtu (1794).
Po ukazu Herbersteina je leta 1783 s pomočjo Blaža Kumerdeja organiziral nov prevod Svetega pisma, ki je bilo najpomembnejše delo iz janzenističnega programa. Skupaj sta pripravila Svetu pismu noviga testamenta I-II (1784, 1786), pri prevajanju starega testamenta (1791–1802) pa je bil Japljev delež manjši, ker so ga postopoma izrivali mlajši sodelavci. V času prevajanja je Japelj naletel na mnoge ovire, med drugim smrt Herbersteina, odhod Kumerdeja v Celje in razna nasprotja s strani javnosti ter komisije proti Japlju. Nasprotovanja pa niso izhajala samo iz teoloških strani, kritika se je vedno bolj spotikala tudi ob jezik prevoda.
Poleg cerkvenih pesmi je pisal tudi posvetne v latinščini in slovenščini, ki so po večini ostale ohranjene v rokopisih, čeprav se jih je mnogo izgubilo. Kar je ohranjenega sta rešila Zupan in Zois. Muzej v Ljubljani hrani predvsem prevode. Njegovi filološki spisi so shranjeni v licejski knjižnici v Ljubljani, kamor jih je leta 1812 dal Zois, ki jih je 1809 dobil od škofa Hohenwarta. Ravno Zois pa je iz Japlja naredil filologa s tem, ko ga je desetletja priganjal naj napiše slovnico in slovar. Slovnico je obljubljal že v nemškem epilogu (en) katekizma iz leta 1779, prav tako pa uvod I. knjige Nove zaveze (1784) govori o "grammatica Slavo-Carniolica ab uno nostrum proxime edenda". Njen naslov se glasi: Slavische Sprachlehre (...) in je posvečena škofu Hohenwartu ter nosi dovoljenje celovške cenzure za tisk. Bila naj bi pripomoček za pridigarje in podlaga za primerjalno slovansko slovnico. V primerjavi s Pohlinom, Gutsmanom in Zagajškom slovnica predstavlja napredek.
Temeljne ideje, ki so ga vodile pri njegovem slovničarskem delu, so razložene v obširni apologiji slovenščine, ki jo je leta 1799 napisal za grofa Franca Jožefa Wurmbranda, deželnega glavarja Kranjske in Koroške: Beantwortung der Frage (...) (Državna licejska knjižnica v Ljubljani).
Kopitar, ki je Japlja imenoval za "entuzijastično pridnega slavista", mu je kot "mestnemu otroku" očital pravi čut za jezik in v njegovem slovničarskem delu označil kot glavno napako nasilno težnjo po sistemih in pravilih. Podobno mu je očital tudi Metelko. Kljub kritikam pa so Japljeve zasluge za slovenski knjižni jezik nedvomne. V prvih delih je bil v dvomih glede pisave, ob prevodu Biblije pa se je tesno oklenil Dalmatina. Po njem je sprejel glasoslovje, v oblikah pa uvedel živi jezik. Vendar pa Dalmatinu ni slepo sledil – tujke, ki jih je uporabljal Dalmatin, je sicer odpravljal, v tem pa ni bil temeljit. V nasprotju z njim je uporabil tudi nekaj tradicionalnih stvaritev, izpopolnjeni pravopis in nekatere oblike, ki so se v pisavi že sprejele. Kasneje pa se je jezikovno že precej usmeril in posledično je Job, zadnji prevod, najlepši. Kjer ni bil vezan na prejšnji slovenski tekst, je pisal čistejšo slovenščino. Kjer je uporabil tujke, so jih iz njegovega besedila odpravili Škrinjar in njegovi sodelavci, ki so ga močno presegli. Vendar pa je Japelj postavil temelje tako poznejšim prevodom Biblije, kakor sedanjemu pisnemu jeziku.
Glede stilne usmerjenosti prigodnici iz leta 1779 kažeta klasicistično usmerjenost, rokopisno ohranjene prigodnice (prevodi F. Hagedorna, A. Popa) pa rokokojsko. Začel je prevajati tudi Matastasijev libreto Artaserse. Leta 1781 je v Ljubljani z Edlingom in Kumerdejem kot pesnik in jezikoslovec obnovil Academio operosorum in postal njen tajnik (z imenom Secretus). Leta 1789 je bil sprejet med člane goriško-tržaške kolonije rimske arkadijske akademije s prispevkom Silvanides Driadius in bil član omizja Žige Zoisa. Za peterburški slovar (1790) je poslal slovenske besede. Na Ježici se je trudil, da bi povečal cerkev, skrbel za šolo, postavil novo župnišče, se precej ukvarjal s sadjarstvom ter se trudil z izumom perpetuum mobile. Vse svoje premoženje je zapustil revežem – v njihovo korist je dal izvršitelj oporoke, Zois, prodati vse njegove knjige in rokopise na javni dražbi.
V Kamniku so po njem poimenovali ulico.
Vnos: BP