Izhajal je iz stare strojarske rodbine iz Izlak pri Zagorju. Z bratom Francem sta se preselila v Kamnik, ko mu je bilo 14 let. Hotel se je izučiti strojarstva, a se je kasneje preusmeril v gradbeništvo. Poročil se je s Terezijo Šporn, ki je izhajala iz premožne kamniške družine. Njen oče je bil mekinjski posestnik in kamniški župan. Po poroki je prevzel njeno posestvo v Mekinjah. Z ženinim sorodnikom je ustanovil družinsko podjetje, ki je na Kranjskem in Koroškem gradilo ceste in mostove. Prevzel je tudi restavriranje cerkve Sv. Primoža nad Kamnikom.

Leta 1852 je prevzel gradnjo objektov kamniške smodnišnice. Za oskrbo s cementom in opeko je dal 1854 v Mekinjah postaviti cementarno - takrat druga tovrstna tovarna v Avstriji - in opekarno. Smodnišnica je bila dokončana 1857. Po dokončanju projekta se je preusmeril na novo področje. Kmalu je postal eden najbolj iskanih gradbenikov v monarhiji. Začel je prevzemati gradnjo železnic v Avstriji, na Ogrskem in v Švici; zidal je visoke stavbe na progi Brenner (en) — Bolzano, delavnice južne železnice v Mariboru, proge Celovec — Beljak, Bruck (en) — Leoben, Znojmo (en) — Jihlava (en), Gradec — Vrbna, Innsbruck—Telfs (en), Olten— Solothurn (en) v Švici in 120 km dolgo progo Nagyvarad (en) — Beiuş (en) — Vaşcău (en) na Ogrskem (sedaj v Romuniji). 

Poleg gradnje odsekov prog po monarhiji in Švici je njegovo podjetje zgradilo prvo lokalno železniško progo na Kranjskem: Ljubljana (Šiška)–Kamnik, katere pobudnik je bil Prašnikar že od 1868. Skupaj z baronom ing. Oskarjem Lazarinijem je Prašnikar 14. maja 1889 pridobil koncesijo, tri dni kasneje sta skupaj z Lazarinijem ustanovila delniško družbo s sedežem na Dunaju. Dve leti kasneje je država zaradi donosnosti železnice projekt prevzela. Proga je bila dana v redni promet 28. januarja 1891.

Na svojih številnih potovanjih je spoznal pomembnost tujskega prometa in turizma za domače kraje in ga je tudi sam pospeševal. Bil je pobudnik in začetnik sodobnega turizma tako v Kamniku kot na Kranjskem in eden od pionirjev v okviru monarhije. 1868 je kupil nekdanjo Valvasorjevo graščino Medija blizu Izlak in jo obnovil. Ob iskanju premoga so v njeni bližini odkrili toplo vodo, zaradi katere je Prašnikar 1887 dal urediti termalno kopališče, ki se danes imenuje Medijske toplice. Po uspešni investiciji na Izlakah se je odločil, da bo podoben projekt izpeljal še v Kamniku oz. Mekinjah, kjer je začel sredi 70. let (1876) zidati kopališče in vodno zdravilišče s številnimi poslopji in parkom. Med Kamniško Bistrico in Nevljico je zgradil sodobno infrastrukturo, s čimer je postavil temelje modernega turizma. Uradno so se toplice imenovale »Bad Stein« (v prevodu Kamniške toplice), sicer pa se jih je prijelo ime »Kurhaus« (Zdraviliška hiša oz. Zdraviliški dom), po imenu glavne kopališke stavbe, ki je stala na mestu, kjer je danes kamniški samski dom (Spodnje Mekinje). Ob odprtju je imela udobno urejen salon z biljardom in čitalnico. V okviru rekreacijske ponudbe zdravilišča je dal Prašnikar 1882 urediti t. i. severno pešpot na Stari grad in sprehajališče s klopcami v mekinjskem gozdu. Takrat je zdravilišče obsegalo še zdraviliško restavracijo in vilo Neptun. Kopališče je imelo vse priprave za uporabo vodnega zdravljenja z elektroterapijo in masažo ter bazen s tuši ter ustrezno zdravniško pomoč. Že takrat je bilo poskrbljeno za dodatno ponudbo – izlete v okolico: do izvira Kamniške Bistrice, Kamniškega sedla, Grintovca, Ojstrice, Tuhinjske doline, Črne, cerkve Sv. Primoža. Zaradi obsega projekta je Prašnikar k investiciji povabil še zeta Janeza Kecla (nekje Keclja) in brata Franca Prašnikarja. 

Največ zaslug za hiter vzpon je imel sam Prašnikar, ki je s spretno reklamo v vseh najpomembnejših časopisih, predvsem na Dunaju, zlasti pa s poznanstvi po celotni monarhiji, v zdravilišče privabil mnoge domače in tuje petičneže (iz Ljubljane, Trsta, Dunaja, Prage, Zagreba in drugod). Prihajalo je veliko uglednih in pomembnih osebnosti, ne samo z območja Avstro-Ogrske temveč celotne Evrope in celo iz Združenih držav Amerike. Julija 1883 je zdravilišče obiskal sam avstrijski cesar Franc Jožef. Kljub vsemu pa obisk ni bil tako velik, kot bi si želeli Kamničani, saj je bilo mesto preveč oddaljeno od železniških povezav. Ob koncu stoletja je zdravilišče na obširnem mekinjskem posestvu Alojza Prašnikarja obsegalo osrednje zdraviliško poslopje, kopališče za izvajanje zdravilnih metod, velik urejen park ter štiri vile za nastanitev gostov, ki se jim je poleg prenočišča nudilo še prehrano s postrežbo in razne oblike zabave. Glavno poslopje je imelo veliko plesišče in obednico z marmornatimi stebri, pokrito in nepokrito verando. V spodnjih prostorih je bilo kegljišče, več točilnic, društvena soba, plesna dvorana, soba z biljardom in čitalnica. Zgornji prostori pa so bila urejena večja in manjša stanovanja za goste. Poleg tega so bile gostom v najem ponujene sobe v poletni hiši ob vili lastnika. Obe sta bili del t. i. Prašnikarije (Praschnikerhof). Tako je bilo na vrhuncu delovanja (1893) gostom na voljo okoli 60 postelj. Poleg zdraviliškega poslopja je stala stavba t. i. Vodnega zdravilišča. Kopališče je imelo sobe za tople, mrzle ter kropilne kopeli. Tik ob poslopju je bil plavalni bazen s kabinami ter leseno poslopje z raznim telovadnim orodjem. Pri samem zdravljenju je imel pomembno vlogo tudi sam park, ki je bil bogat z vodo in se je razprostiral vse od sotočja Bistrice in Nevljice mimo poslopij in se skupaj z drevoredom zaključil ob Prašnikariji. V parku je bilo urejeno teniško igrišče, igrišče za kriket ter kegljišče. Vodstvo je skrbelo za zabavo – godbo, shode, igre, plese, narodne veselice v kamniški čitalnici, sodelovanje z raznimi društvi, izlete, lov, ribolov … Pomembno je bilo sodelovanje zdravilišča s kamniško narodno čitalnico, ki je imela za mesto izjemen pomen in je prirejala t. i. besede – prireditve z dramskimi uprizoritvami, recitali, petjem in glasbo. S svojimi nastopi je navduševalo tudi pevsko društvo Lira ter od 1899 kamniški salonski orkester. Kmetijske in rokodelske novice leta 1877 poročajo, da »so videti toplice, še ne popolnoma dodelane, a za rabo vendar že. […]. Delata jih Kecelj in Prašnikar, a ne toliko mestu, kakor sebi na dobiček, kajti Prašnikar je od glave do nog le gšeftsman.« Vsekakor je dejstvo, da se je Kamnik razvil v pomembno turistično središče zlasti zaradi podjetnega Prašnikarja. Razcvetu kamniškega Kurhausa je z njegovo smrtjo 1899 sledil počasen zaton. Dokončen zlom je za zdravilišče pomenil začetek prve svetovne vojne. Prašnikar je bil tudi vitez Franc Jožefovega reda (en). Dokaj velika posest Prašnikarjev, ki je obsegala skoraj ves prostor med Bistrico in Nevljico, od mekinjskega gozda do smodnišnice, je bila do druge svetovne vojne z izjemo ene vile razprodana.

V Kamniku je po njem poimenovana ulica.

Vnos: ŠL