Doma je bil iz Kamnika, začasno je nekaj časa živel tudi v Domžalah. Do odhoda v slovensko Teritorialno obrambo je bil v tovarni Svilanit zaposlen kot komercialist. Podčastnika Peperka, pripadnika diverzantskega voda Teritorialne obrambe, so specialci Jugoslovanske armade 27. junija 1991 v Trzinu zadeli v prsi, med prevozom v bolnišnico je, blizu Šentjakoba,  podlegel strelni rani. Bil je ena prvih žrtev slovenske osamosvojitvene vojne.
Za seboj je zapustil ženo in hčerko. 
Za izkazano izjemno hrabrost v vojni ter posebno požrtvovalnost v bojnih nalogah je 26. oktobra 1991 posmrtno prejel Častni vojni znak -  najvišje vojaško odlikovanje Republike Slovenije.
Leta 1992 je z utemeljitvijo: »za izjemne zasluge pri obrambi svobode in uveljavljanju suverenosti Republike Slovenije« posmrtno prejel Častni znak svobode Republike Slovenije. 
Leta 2012 je minister za obrambo Republike Slovenije po njem poimenoval vojašnico Edvarda Peperka v Ljubljani (prej vojašnica  Franca Rozmana – Staneta).